Agente do FBI, Ethan Burke acorda na cidade perfeita de Wayward Pines e começa a descobrir os segredos mais sombrios da cidade aparentemente inocente.

Ethan esforça-se para compreender por que o Xerife Pope não quer que ele deixe Wayward Pines; frustrado pela falta de informação e respostas sobre…

Abalado pelos acontecimentos recentes na cidade, Ethan não pode acreditar quando Theresa e Ben chegam em Wayward Pines.

Ethan se esforça com seu novo papel designado na cidade. Ele continua procurando uma saída, especialmente agora que sua família chegou e ele quer…

Ethan caminha pela floresta e fora da linha da cerca, onde ele descobre algumas verdades sobre Wayward.

Ethan é levado a uma estrutura secreta na cidade, onde aprende o resto da verdade sobre Wayward Pines; Theresa faz algumas investigações por conta…

Ethan encontra uma bomba em seu carro, o que o leva a questionar as pessoas que supostamente eram confiáveis. Ao mesmo tempo, Kate e…

Ethan investiga o grupo insurgente após eles criarem caos na cidade; a Irmandade Gathering é chamada para distrair e reunir as pessoas da cidade.

Ethan interroga Harold e outros insurgentes que saíram do radar; a professora de Ben aconselha-o a falar publicamente sobre os eventos que estão afetando…

Pam enfrenta Pilcher; Megan muda de ideia e ajuda Ethan a levar as pessoas da cidade para a segurança e a verdade.

Os residentes lutam contra o regime da Primeira Geração, e um novo residente surge para ajudar a preservar a raça humana.

Theo aproveita sua posição como único cirurgião da cidade para conseguir respostas sobre sua esposa e informação sobre Jason Higgins; Megan Fisher lidera estudo…

Flashbacks revelam como Jason Higgins se tornou a criança preferida de Wayward Pines; enfermeira Pam retorna como uma ameaça à cidade; Theo tenta entender…

Xander retorna a Wayward Pines com um pessoa que pode fazer com que ele entenda melhor os Abbies; Rebecca faz de tudo para ajudar…

Rebecca lembra ter conhecido Pilcher como um arquiteto; Rebecca conta um segredo chocante a Theo; Teresa diz a C.J. e Adam que deseja viver…

Teresa corre perigo depois que os Abbies atacam CJ e deixam a cidade com poucos alimentos; Theo cria uma unidade de emergência temporária; Jason…

Theo e Megan discordam sobre a inteligência dos Abbies enquanto o doutor tenta se comunicar com o líder; CJ reflete sobre sua vida ao…

Theo e Hassler buscam o líder Abbie fugitivo; Xander fala com Rebecca sobre sua condição; Jason recebe péssimas notícias.

Com os Abbies se aproximando, Jackson toma uma decisão fatal; Pilcher lembra encontrar o seu Escolhido; Theo e Xander colocam suas diferenças de lado…

Os Abbies invadem a cidade, o que leva Theo a tomar uma decisão que pode afetar toda a humanidade.